Assim como o restante das regras, a forma e o prazo de pagamento podem variar de acordo com a cidade (IPTU) ou a unidade federativa (IPVA). De modo geral, quanto à forma de pagamento, para ambos os impostos, existem as opções à vista ou parcelada.
É importante destacar que, de acordo a alternativa escolhida pelo contribuinte, a prefeitura ou o governo do estado podem oferecer descontos no valor do IPTU ou IPVA.
Em São Paulo quem paga o IPVA em parcela única tem um desconto de 3%. O proprietário de veículo do estado de São Paulo pode optar por pagá-lo de uma só vez, em janeiro ou em fevereiro, ou em até três parcelas (de janeiro a março). As datas de vencimento mudam de acordo com a placa final do veículo, conforme a tabela abaixo:
| Mês de pagamento | Janeiro | Fevereiro | Março |
| Placa | Cota única com desconto ou 1ª parcela | Cota única sem desconto ou 2ª parcela | 3ª parcela |
| Final 1 | 9/01/2009 | 11/02/2009 | 11/03/2009 |
| Final 2 | 12/01/2009 | 12/02/2009 | 12/03/2009 |
| Final 3 | 13/01/2009 | 13/02/2009 | 13/03/2009 |
| Final 4 | 14/01/2009 | 16/02/2009 | 16/03/2009 |
| Final 5 | 15/01/2009 | 17/02/2009 | 17/03/2009 |
| Final 6 | 16/01/2009 | 18/02/2009 | 18/03/2009 |
| Final 7 | 19/01/2009 | 19/02/2009 | 19/03/2009 |
| Final 8 | 20/01/2009 | 20/02/2009 | 20/03/2009 |
| Final 9 | 21/01/2009 | 26/02/2009 | 23/03/2009 |
| Final 0 | 22/01/2009 | 27/02/2009 | 24/03/2009 |
Estão isentos do IPVA, os veículos com mais de 20 anos de fabricação, os adaptados para serem dirigidos por motoristas com deficiência física ou os táxis. Também podem ser dispensados de pagar o imposto integral quem teve o veículo furtado ou roubado.
Quem não paga os impostos em dia está sujeito aos chamados acréscimos moratórias e aos juros. No caso do IPVA em São Paulo, os acréscimos vão de 0,33% por dia de atraso até o limite de 20%, calculados sobre o valor do imposto. Sobre o montante, são cobrados juros, equivalentes por mês à taxa Selic.
